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第一章 绪论1

一、遗传标记的类型及发展1

二、分子生物学发展史上的里程碑——PCR6

三、植物分子标记常用技术系统概述17

第二章 RFLP技术25

第一节 RFLP的产生和发展25

第二节 RFLP的基本原理26

一、DNA碱基顺序的自然变异26

二、限制性内切酶27

三、限制片段长度多态性的产生29

四、Southem印迹转移及杂交31

五、探针及其制备32

六、RFLP的遗传标记37

七、应用RFLP进行QTL分析与辅助育种37

第三节 RFLP的方法与步骤40

一、DNA的分离40

二、酶切42

三、琼脂糖凝胶电泳44

四、Southem印迹转移（碱法）44

五、DNA杂交及放射自显影45

六、X线胶片上RFLP图谱的分析48

七、非放射性探针的RFLP检测49

八、溶液配制51

第四节 RFLP技术的应用54

一、遗传学图构建55

二、基因定位56

三、数量性状基因定位（QTL）分析57

四、异源染色体（质）鉴定58

五、遗传多态性分析59

六、分类和进化研究60

七、细胞质遗传研究62

八、其他方面的应用63

第三章 RAPD技术68

第一节 RAPD的产生与发展概述68

第二节 RAPD的基本原理和方法70

一、RAPD的基本概念和原理70

二、RAPD技术分析的几种方法和途径71

三、RAPD产物分析中的一些问题76

四、RAPD的优、缺点及弥补方法78

第三节 RAPD反应的影响因子80

一、Taq酶的影响80

二、镁离子浓度的影响81

三、扩增反应温度和时间的影响82

四、循环周期的影响84

五、引物的影响85

六、dNTPs浓度的影响86

七、DNA的影响86

第四节 RAPD的基本实验程序87

一、RAPD的基本实验步骤87

二、RAPD实验可能遇到的问题、原因及对策92

三、注意事项93

第五节 RAPD数据的统计分析95

一、多态位点比例和位点平均杂合度95

三、Shannon多样性指数96

二、基因相似系数（genotypessi milary）96

四、遗传距离指数（genetic distance index）98

五、Jaccard系数99

第六节 RAPD技术的应用100

一、品种、品系的指纹图谱的绘制100

二、种质资源遗传多样性研究101

三、遗传学图的构建102

四、新遗传资源的鉴定102

五、目标基因的定位与分离103

六、其他方面的应用104

第一节 AFLP技术的产生和发展111

第四章 AFLP技术111

第二节 AFLP的基本原理112

一、AFLP的基本原理112

二、AFLP的主要影响因素115

三、AFLP技术的优、缺点118

第三节 AFLP的实验操作119

一、仪器设备（不包括DNA提取及纯化）120

二、药品试剂（不包括DNA提取及纯化）120

三、DNA提取及纯化121

四、AFLP反应基本程序122

五、电泳分离126

六、银染程序127

七、AFLP放射性同位素检测基本程序128

八、AFLP荧光标记检测基本程序128

九、AFLP实验要点129

十、AFLP实验可能遇到的问题、原因及时策131

第四节 AFLP的应用133

一、构建指纹图谱，鉴定品种或种质134

二、遗传多样性研究135

三、遗传学图的构建135

四、鉴别与目的基因紧密连锁的分子标记136

六、研究基因表达与调控137

五、辅助育种137

附录 有关试剂的配制138

第五章 SSR技术145

第一节 SSR技术的产生与发展145

第二节SSR的基本原理147

一、SSR的基本结构147

二、SSR的频率147

三、SSR标记引物的来源149

四、SSR位点的电泳分离与检测150

五、SSR位点的分析与数据处理151

第三节 方法和步骤152

六、SSR标记的优、缺点152

一、DNA的提取153

二、DNA的纯化153

三、PCR反应及电泳分离154

四、银染法检测155

五、附录157

第四节 SSR标记技术的应用159

一、基因定位159

二、多态性分析160

三、追踪亲本遗传物质在杂交后代中的遗传动态161

四、微卫星DNA作图162

五、指纹图谱构建163

六、数量性状基因位点（QTL）分析164

七、种质资源的保存与利用164

第六章 GUSH和FISH技术169

第一节 GISH和FISH技术的产生与发展169

第二节 GISH和FISH技术的原理和影响因素172

一、基本原理172

二、GISH或FISH探针的制备173

三、GISH或FISH的影响因素176

第三节 GISH和FISH的操作方法180

一、仪器用品181

二、植物染色体标本的制备182

三、基因组DNA的提取及探针标记185

四、核酸的变性、杂交、冲洗及检测188

五、原位杂交及检测的具体操作程序（非放射性标记探针的原位杂交及检测程序190

六、原位杂交要点198

七、植物染色体原位杂交易出现的问题及解决措施199

第四节 GISH和FISH的应用202

一、基因定位202

二、染色体结构变异的分析203

三、基因组的结构和进化的研究203

四、基因组的空间分布204

一、染色体标本制备试剂205

五、遗传转化材料的鉴定205

附录 有关试剂的配制205

二、CTAB缓冲液的配制206

三、探针标记的试剂206

四、斑点杂交检测试剂207

五、原位杂交及检测的试剂207

第七章 mRNA差异显示技术213

第一节 mRNA差异显示技术的产生与发展213

第二节 mRNA差异显示技术的原理214

一、基本原理214

二、基本实验程序216

三、mRNA差异显示技术的优、缺点218

第三节 mRNA差异显示技术的方法与步骤220

一、仪器设备221

二、药品试剂221

三、操作程序223

四、要点和难点解答230

第四节 mRNA差异显示技术的改进232

一、植物组织高纯度RNA的制备232

二、引物设计及PCR参数的优化234

三、差异条带的分离与回收237

四、Northern杂交及cDNA探针的克隆239

五、全基因的完整筛选240

六、mRNA差异显示技术与其他分子生物学技术的结合241

第五节 mRNA差异显示技术的应用243

一、分析基因表达的差异243

二、寻找遗传标记245

三、分离特异表达的基因246

四、检查cDNA文库的质量247

五、鉴定种属特异性248

第八章 其他分子标记技术254

第一节 抑制消减杂交法254

一、抑制消减杂交法的原理254

二、抑制消减杂交法的步骤255

第二节 消减杂交法257

一、消减杂交法的原理和步骤257

二、cDNA文库的构建258

第三节 代表性差异分析法262

一、代表性差异分析法的原理262

二、tester和driver DNA样品扩增子的制备262

三、杂交和扩增263

第四节 SSH、SH、RDA的应用及其优、缺点265

一、SSH、SH、RDA的应用265

二、SSH、SH和RDA的优、缺点269